Eduardo Hubert wurde in Argentinien geboren und studierte Klavier am Nationalen Musikkonservatorium Buenos Aires bei Antonio de Raco, Silvia Carranza und Vincenzo Scaramuzza sowie gleichzeitig Ingenieur-wissenschaften an der Universität von Buenos Aires. Seine besondere Veranlagung zum Dirigieren hatte sich schon früh gezeigt, und zwar bei einer Probe des Kammerorchesters von Radio Argentina, die er im Alter von 12 Jahren hielt. 1963 trat er erstmals öffentlich
als Pianist auf, und seither war er in allen großen Konzertsälen seines Landes zu hören. Nach seiner Übersiedlung nach Italien 1974 setzte er seine Studien bei Fausto Zadra fort, dessen Assistent er am
Conservatorio di Lausanne wurde. Er studierte Elektronische Musik bei Franco Evangelisti am Conservatorio di Santa Cecilia di Roma, belegte Dirigierkurse bei Franco Ferrara und Leonard Bernstein und erhielt die „Licence de concert“ und den „Prix de Virtuosité“ am Conservatoire de Musique in Lausanne. 1994 war er Herausgeber der Erstausgabe von Arnold Schönbergs Drei kleine Stücke (1894). 1995 gewann er den „Oskar“ als Komponist für den Dokumentarfilm „Pietro, Gas e Fantasia“ in Biarritz. 1998 wurde er für sein Musikfestival „Progetto Cenacolo“ vom italienischen Staatspräsidenten Luigi Scalfaro
ausgezeichnet. Seine Kompositionen, darunter „Por las Americas“, das Konzert für Saxophon und Orchester, „Martulango“ für Klavier, Violine, Bandoneon und Streicher und „Da Paesi Lontani“ für Saxophon-Quartett, Streicher und Schlagzeug wurden mit großem
Erfolg aufgeführt. CD-Aufnahmen erschienen bei EMI, Ricordi-Minstrel, Dante Lys und Pentaphon Classics.

Eduardo Hubert musizierte mit namhaften Künstlern wie Martha Argerich, Radu Aldulescu, Ivry Gitlis, Fany Solter, Wolfgang Meyer, Sándor Végh und vielen anderen und übt heute als Professor am Conservatorio di Pescara einen prägenden Einfluss auf die Entwicklung der Kammermusikausbildung aus. Er war künstlerischer Leiter des Festivals „Encuentro Martha Argerich“ in Buenos Aires und arbeitet seit 2006 auch im Netzwerk des Kinder- und Jugendorchesters von Venezuela.